住宅ローン控除の年末調整｜必要書類と書き方・還付金まで解説

この記事では、1年目との違い、年末調整で出す書類と申告書の書き方、還付金の目安と入金時期、そして「うっかり忘れた」「書類をなくした」ときの挽回方法まで一通り整理します。

私はFP事務所で住宅購入や確定申告のサポートを年間100件以上担当しています。実際の窓口で「ここでつまずく人が多い」というポイントも交えて書きます。手元に勤務先から配られた年末調整の書類があれば、見比べながら読んでみてください。

住宅ローン控除と年末調整の関係をまず押さえる

住宅ローン控除の確定申告のやり方をわかりやすく解説【スマホ・e-Tax対応】

まずは2つの制度を切り分けます。ここが混ざると、必要な手続きがまるごと分からなくなります。

住宅ローン控除とは何か

住宅ローン控除は、ローンを借りて住宅の新築・取得・増改築をした人が、年末のローン残高の0.7％を所得税（一部は翌年の住民税）から最大13年間差し引ける制度です。国土交通省は「住宅ローン減税」、国税庁は「住宅借入金等特別控除」と、呼び名が違うので注意してください。

控除率は0.7％。残高2,000万円なら単純計算で年14万円が税金から戻る計算です。納めた税金から「差し引く」制度なので、戻る上限はその年に納めた税額までになります。

そもそも年末調整とは

年末調整は、勤務先が毎月の給料から天引きしてきた所得税を、1年の終わりに正しい金額へ精算する手続きです。多めに引かれていた分は戻り、足りなければ追加で引かれます。

会社員のほとんどは、この年末調整があるから自分で確定申告をしなくて済んでいます。住宅ローン控除も、この仕組みの中に組み込んでもらえるのです。

なぜ年末調整で控除が受けられるのか

国税庁は、前年に確定申告で住宅借入金等特別控除を受けた給与所得者は、翌年以降を年末調整で受けられると案内しています。つまり「一度確定申告で制度を使い始めた人」が対象です。

勤務先に必要書類を出せば、会社側が残高に応じた控除額を計算し、給料から引きすぎた税金を戻してくれます。自分で税務署へ行く必要はありません。

1年目と2年目以降で手続きが違う理由

同じ控除なのに、1年目だけ確定申告が要る。これには理由があります。

1年目は確定申告が必要

入居して最初の年は、年末調整では受けられません。確定申告で「私はこの制度の対象です」と税務署に最初の登録をする必要があるからです。

この初回申告では、登記事項証明書や売買契約書、ローンの年末残高証明書など多くの書類を揃えます。正直、ここがいちばん面倒です。でも一度通せば、翌年からは一気にラクになります。

2年目以降は年末調整で受けられる

2年目からは、勤務先の年末調整に書類を出すだけ。確定申告は不要です。

必要なのは後述する2種類の書類だけ。1年目の苦労に比べると、拍子抜けするほど簡単になります。会社員の方は、この差を知っておくと毎年の手間の見通しが立ちます。

申告がいつから年末調整に切り替わるか

切り替わりは「確定申告をした年の翌年分」からです。国税庁の案内では、令和6年中に入居して令和6年分の申告で控除を受けた人が、令和7年分以降を年末調整で行う、と示されています。

言い換えると、入居初年の確定申告→翌年の年末から年末調整、という流れ。自営業の方や、給与以外の所得で毎年確定申告する方は、2年目以降も確定申告で続けます。

年末調整で住宅ローン控除を受ける手続きの流れ

ここが本題です。出す書類は2つだけ。順番に見ていきます。

必要書類の一覧

国税庁が案内する年末調整での必要書類は、次の2つです。どちらも年分の表示があるので、その年のものかを必ず確認してください。

申告書は、1年目の確定申告のあとに残りの控除年数分がまとめて届きます。たとえば13年控除なら、2年目以降の12枚分が一束で送られてくるイメージです。だからこそ、なくすと厄介。これは後述します。

申告書の書き方と記入例

申告書は最初の見た目で身構えますが、転記する場所は決まっています。金融機関から届いた年末残高証明書の数字を、申告書の該当欄に書き写すのが基本です。

記入の流れを、私が窓口で説明している順番でまとめます。

単独名義なら難しくありません。迷いやすいのは、夫婦の連帯債務・ペアローンのとき。その場合は持分や負担割合に応じて残高を按分するので、1年目の確定申告で書いた割合と同じにそろえてください。

勤務先への提出時期と提出先

提出先は税務署ではなく勤務先です。年末調整の他の書類（保険料控除など）と一緒に、会社が決めた締切までに出します。だいたい11月中旬〜12月初旬が多い印象です。

年末残高証明書は申告書に添付して提出します。証明書が届くのは10〜11月頃なので、届いたら年末調整の封筒に一緒にしまっておくと紛失を防げます。

気になる還付金の金額と入金時期

年末調整の住宅ローン控除申請に必要な書類と記入方法（記入例付き）

いくら戻って、いつ振り込まれるのか。ここは皆さんいちばん気にする部分です。

還付金はいくら戻るのか

控除額の目安は「年末のローン残高×0.7％」。残高2,500万円なら17.5万円が計算上の控除額です。

ただし戻るのは、その年に納めた所得税の範囲まで。控除額が納めた税額より大きいと、引ききれない分が出ます。その扱いは後ろの注意点で説明します。年末調整の場合、戻るお金は「給料から引きすぎていた所得税の精算」として返ってきます。

還付金が入金されるタイミング

年末調整は確定申告と違い、税務署からの振込ではありません。会社の精算なので、戻り分は12月か翌1月の給与に上乗せされる形が一般的です。

給与明細の「年末調整還付」などの欄を見ると、いくら戻ったか分かります。確定申告のように1〜2か月待つことはなく、給料日に反映されるのが年末調整のいいところです。

年末調整で住宅ローン控除を受けるときの注意点

控除を受け損ねる原因は、だいたい同じ3つに集約されます。相談現場の実感です。

書類を紛失したときの再発行

申告書をなくすと、毎年困ります。前述のとおり残り年数分が一束で届くため、これを失くす相談は本当に多い。

申告書は税務署で再発行できます。「年末調整のための住宅借入金等特別控除証明書」の交付を申請する形です。年末残高証明書のほうは、借入先の金融機関に連絡すれば再発行してもらえます。慌てず、まずは届いた束を1か所にまとめて保管しておくのが一番の予防策です。

年末調整を忘れた場合の対処

締切に間に合わなかった、書類が手元になかった――。それでも控除をあきらめる必要はありません。

年末調整で出し忘れても、自分で確定申告すれば取り戻せます。さらに過去分を出し忘れていた場合でも、還付申告は5年さかのぼって可能です。「もう無理かも」と相談に来る方が多いのですが、たいてい挽回できます。

繰上返済や借換えをしたときの影響

見落とされがちなのが、年末近くの繰上返済・借換えです。これをすると年末残高が変わるため、すでに届いている年末残高証明書の金額と実際の残高がズレます。

借換えをした場合は、新しい借入先から新しい証明書が出ます。10月以降に動かしたなら、証明書の再発行を依頼して、最新の残高で申告してください。古い数字のまま出すと、後で修正が必要になります。

つまずきやすい失敗例と回避のコツ

窓口で実際にあった「やってしまった」を2つ紹介します。どちらも避けられるものです。

申告書と証明書の年分を間違えるケース

束で届く申告書には、それぞれ年分が印字されています。来年分を今年提出してしまう取り違えが、意外と起きます。

提出前に「申告書の年分」と「年末残高証明書の年分」が一致しているかを必ず見比べてください。ここを確認するだけで、差し戻しの大半は防げます。

控除しきれない残額の取り扱い

控除額が所得税より大きいとき、引ききれない分は翌年の住民税から差し引かれます。この住民税分は、自分で手続きする必要はありません。

年末調整の結果が市区町村へ自動で連携され、翌年6月以降の住民税が軽くなる仕組みです。「所得税だけ見て損した気がする」という声をよく聞きますが、住民税まで含めて控除されていると知ると、たいてい納得されます。

住宅ローン控除の年末調整に関するよくある質問

2年目以降の住宅ローン控除～令和7年分年末調整について、新しい調書方式の解説も含め、詳しく解説します。

相談で繰り返し聞かれる質問を、3つだけまとめます。

最後にひとつ。年末調整は「出すだけ」で済む年こそ油断しがちです。10〜11月に証明書が届いたら、その場で年末調整の封筒に入れる。これだけで毎年の取りこぼしはほぼ防げます。届いた書類を放置しないこと、それが私からの一番の助言です。